La Fondation Maurice Allais est administrée par un Comité de fondation composé de 12 à 15 personnes. Conformément au règlement intérieur de la Fondation ParisTech, ses membres sont désignés par le conseil d’administration de cette dernière en accord avec Christine Allais, Fondatrice de la Fondation Maurice Allais.
Un Conseil scientifique est chargé de conseiller le Comité de fondation pour définir les grandes orientations de l’action de la Fondation Maurice Allais en ce qui concerne l’œuvre de Maurice Allais dans le domaine de la Science Économique. Il constitue le Jury du Prix Maurice Allais de Science Économique. Il comprend de 10 à 25 membres, désignés par le Comité de fondation.